Ker je otok Zanzibar lociran južneje od ekvatorja, so letni časi obrnjeni drugače, kot pa smo vajeni v Evropi. Kljub vsemu pa je ravno bližina ekvatorja tista, katera daje stalno temperaturo ne glede na letni čas.
Tako ima Zanzibar skozi vse leto povprečno dnevno temperaturo ok. 28-29°C.
Zaradi vplivov monsunov v Indijskem oceanu, sta za Zanzibar običajni dve deževni obdobji. Večja traja od marca do maja, krajša pa med novembrom in decembrom. Večina turistov obišče Zanzibar v času od junija do oktobra. V deževni dobi so običajne popoldanske tropske nevihte in nalivi. Preostali del dneva pa lahko prav tako izkoristite za različne aktivnosti. Res pa je v tem obdobju na otoku manj turistov.
Podobno kot vreme, je tudi temperatura morja okoli otoka stalna skozi vse leto. Giblje se med 25-28°C. Kar se tiče morja, se na obalah pozanimajte glede velike razlike med oseko in plimo. Ob najnižji oseki boste namreč morali na plažah broditi kar nekaj 100m od obale, da boste lahko konkretno zaplavali.