Afrika je zibelka človeštva. Na Zanzibarju kot tudi na celinskem delu Tanzanije so odkrili ostanke staroveškega pračloveka.
Otok je bil poznan tudi v času grško – rimske antike. V zgodnjem srednjem veku so otok pogosto obiskovali perzijski, indijski in arabski pomorščaki.
Unguja je bila pomembna postojanka pri trgovanju z zlatom, slonovino in ambro. Ob iskanju ugodnih poti do Indije so se tukaj ustavljali tudi portugalski pomorščaki in ustanovili svojo kolonijo. Zanimale so jih predvsem dragocene začimbe.
Kasneje je bil otok priključen k Omanskemu sultanatu. V 19. stoletju so ga zavzeli Britanci in postal je del British Commonwealtha.
Ko je sredi 20. stoletja prenehal britanski protektorat nad Zanzibarjem, se je otok združil z republiko Tanganyka na celini in postal skupna država Tanzanija.